2006年3月, 在我国著名的马克思主义思想理论家、教育家、社会活动家，南京大学老校长匡亚明诞辰100周年之际，南京大学决定将基础学科教育学院命名为匡亚明学院。

南京大学基础学科教育学院是1998年在基础学科教学强化部的基础上成立的，而基础学科教学强化部则是基于原国家教委关于保护和加强基础学科的指导精神成立于1989年。强化部实施“以重点学科为依托，按学科群打基础，以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”的模式，培养立志献身基础学科研究和教育事业的优秀人才。

目前，匡亚明学院中强化部学生和数学基地的部分学生单独提前招收录取，天文、中文、历史、哲学基地班在统一招生中直接录取，其他学科(基地) (包括物理、化学、生物、地质、地理、大气和数学(部分))的学生在入学后二次招收。

匡亚明学院将继承匡校长创新，创造，求实，超越的教育思想，探索适合南京大学学科特点的通识教育模式和在通识教育基础上的个性化人才培养体系，在实施研究型教学等方面积极实践，努力培养出一流的创新型人才。